“数字家蚕”共享分析平台上线 面向全球科学家开放
发布时间：2024-07-19 21:27:46 来源: sp20240719
中新网 重庆11月23日电 (记者 钟旖)记者23日从西南大学资源昆虫高效养殖与利用全国重点实验室获悉，该实验室代方银教授团队日前正式上线“数字家蚕”共享分析平台(SilkMeta)。作为迄今涵盖数据类型最全、数据量最大的家蚕组学数据库，面向全球科学家开放。
据介绍，“数字家蚕”共享分析平台(SilkMeta)全称为“家蚕泛基因组和多组学数据分析平台”，整合了家蚕泛基因组及多组学数据，将具有上千个种质资源的线下实体基因资源库，转化为组学序列线上数据库，实现“数据共享”。这也是继2022年该团队发布家蚕超级泛基因组图谱后，中国科学家推动创建“数字家蚕”取得的又一重大进展。
图为“数字家蚕”共享分析平台(SilkMeta)页面。西南大学供图
代方银介绍，在现代蚕学研究和育种实践中，家蚕泛基因组及多组学数据已经成为科学家手里不可或缺的基础资源，合理使用可大大缩短研究和育种的时间，显著提高工作效率。但这些数据的分析利用，对一般用户来讲，具有较高的技术壁垒，成本也很高。
“我们可以把‘数字家蚕’共享分析平台比喻为一部智能、高效的家蚕基因‘数字字典’或‘超级图书馆’，研究人员能在这里快速获取家蚕基因组相关信息。”实验室博士后陆昆鹏表示，平台整合了家蚕泛基因组、转录组、变异组、表型组等多组学数据和功能基因研究数据，并提供开展比较基因组和功能基因组等方面研究的分析工具。目前，平台已涵盖丰富的数据内容，包括1082个二代测序基因组、546个三代测序基因组、5000多万个基因组变异、1168个转录组、294种家蚕质量性状基因型特征、123个非编码RNA测序数据以及单细胞转录组、甲基化测序数据、免疫共沉淀测序数据等。
2022年10月，代方银团队完成家蚕大规模种质资源基因组解析，成功绘就世界上首张家蚕超级泛基因组图谱，率先实现家蚕基因库数字化，创建“数字家蚕”。此次“数字家蚕”共享分析平台的上线，代表着西南大学家蚕基因研究从“技术领跑”转变为“数据共享”，全球科学家都能在该平台获得基因数据，实现种质资源基因组、遗传变异及表型的开放共享和可视化、便利化分析。
“这是我们发展道路上里程碑式的成果，希望通过数据共享，进一步推动家蚕基因研究，让人与自然协调发展。”中国工程院院士、西南大学蚕学与系统生物学研究所所长向仲怀表示。(完)
【编辑:李岩】